| Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i. | Praha | 1000–1499 | – | |
| Fyzikální ústav AV ČR, v. v. i. | Praha | 1000–1499 | – | |
| VZLU AEROSPACE, a.s. | Praha | 200–249 | 152 mil. Kč (2025) | vzluaerospace.cz |
| Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i. | Praha | 500–999 | – | |
| Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. | Praha | 500–999 | – | |
| Digiteq Automotive s.r.o. | Praha | 500–999 | 2,2 mld. Kč (2025) | |
| Archeologický ústav AV ČR, Praha, v. v. i. | Praha | 250–499 | – | prazskyhradarcheologicky.cz |
| ICON Clinical Research Czech Republic s.r.o. | Praha | 250–499 | 276 mil. Kč (2024) | |
| IQVIA RDS Czech Republic s.r.o. | Praha | 200–249 | 668 mil. Kč (2025) | |
| Státní ústav pro kontrolu léčiv | Praha | 500–999 | – | |
| Honeywell, spol. s r.o. | Praha | 250–499 | 2,1 mld. Kč (2024) | |
| Ústav informatiky AV ČR, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | ustavinformatiky.cz |
| SELGEN, a. s. | Praha | 100–199 | 277 mil. Kč (2025) | selgen.cz |
| Česká geologická služba | Praha | 250–499 | – | |
| Národní centrum zemědělského a potravinářského výzkumu, v. v. i. | Praha | 250–499 | – | |
| Ústav makromolekulární chemie AV ČR, v. v. i. | Praha | 250–499 | – | |
| Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i. | Praha | 250–499 | – | |
| Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i. | Praha | 250–499 | – | |
| Heyrovského ústav AV ČR, v. v. i. | Praha | 250–499 | – | |
| BTL Medical Development a.s. | Praha | 250–499 | – (2022) | |
| INESAN, s.r.o. | Praha | 50–99 | 3,2 mil. Kč (2025) | inesan.cz |
| IOCB TECH s.r.o. | Praha | 25–49 | 1 mld. Kč (2024) | iocbstore.cz |
| Filosofický ústav AV ČR, v. v. i. | Praha | 250–499 | – | |
| PAQ Research, z. ú. | Praha | 50–99 | 2,6 mil. Kč (2023) | paqresearch.cz |
| QUINTA-ANALYTICA s.r.o. | Praha | 250–499 | 483 mil. Kč (2025) | |
| PORSENNA ENERGY s.r.o. | Praha | 6–9 | 16 mil. Kč (2025) | porsennaenergy.cz |
| FT Park z.ú. | Praha | 50–99 | – (2024) | ft-park.cz |
| Bioinova, a.s. | Praha | 20–24 | 2 mil. Kč (2024) | bioinova.cz |
| ASICentrum spol. s r.o. | Praha | 50–99 | 156 mil. Kč (2024) | asicentrum.cz |
| Výzkumný ústav vodohospodářský T. G. Masaryka veřejná výzkumná instituce | Praha | 200–249 | – | |
| Nadační fond MUŽI PROTI RAKOVINĚ | Praha | 20–24 | 235 tis. Kč (2025) | muziprotirakovine.cz |
| Ústav fyziky plazmatu AV ČR, v. v. i. | Praha | 250–499 | – | |
| AUMED, a.s. | Praha | 20–24 | 18 mil. Kč (2025) | aumed.cz |
| SVÚOM s.r.o. | Praha | 10–19 | 6,5 mil. Kč (2025) | svuom.cz |
| Genomac výzkumný ústav, s.r.o. | Praha | 10–19 | 3,4 mil. Kč (2024) | genomac.cz |
| GREEN Solution s.r.o. | Praha | 20–24 | 17 mil. Kč (2025) | gsolution.cz |
| Elphogene, s.r.o. | Praha | 10–19 | 75 mil. Kč (2022) | elphogene.cz |
| OBALOVÝ INSTITUT SYBA s.r.o. | Praha | 20–24 | 4,6 mil. Kč (2025) | obalovyinstitutsyba.cz |
| Institute of Applied Biotechnologies a.s. | Praha | 20–24 | 50 mil. Kč (2024) | |
| RFspin s. r. o. | Praha | 10–19 | 55 mil. Kč (2025) | rfspin.cz |
| LESPROJEKT-SLUŽBY s.r.o. | Praha | 10–19 | 1,1 mil. Kč (2024) | lesprojekt.cz |
| SurfaceTreat a.s. | Praha | 1–5 | 9 mil. Kč (2025) | surfacetreat.cz |
| Prospecto, v.o.s. | Praha | 6–9 | 38 mil. Kč (2025) | prospecto.cz |
| Ústav experimentální medicíny AV ČR, v. v. i. | Praha | 200–249 | – | |
| EnergoStation s.r.o. | Praha | 10–19 | 15 mil. Kč (2024) | energostation.cz |
| Akademie psychologie s.r.o. | Praha | 10–19 | 2,1 mil. Kč (2022) | akademiepsychologie.cz |
| ModelTech s.r.o. | Praha | 6–9 | – (2025) | modeltech.cz |
| MOPRAZ s.r.o. | Praha | 6–9 | 7,3 mil. Kč (2024) | mopraz.cz |
| AUXpharma, s.r.o. | Praha | 6–9 | – (2025) | auxpharma.cz |
| Optiflow Solutions, s.r.o. | Praha | 1–5 | – (2025) | optiflow.cz |
| CARDIOLAB s.r.o. | Praha | 1–5 | 468 tis. Kč (2021) | cardiolab.cz |
| your engineering s.r.o. | Praha | 1–5 | – (2025) | your-engineering.cz |
| ISES ,s.r.o. | Praha | 6–9 | – | ises.cz |
| Ústav termomechaniky AV ČR, v. v. i. | Praha | 200–249 | – | |
| Biogen Praha, s.r.o. | Praha | 1–5 | – | biogen.cz |
| Výzkumný ústav monitoringu a ochrany půdy, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | |
| SOTIO Biotech a.s. | Praha | 100–199 | 219 mil. Kč (2024) | |
| SOITRON s.r.o. | Praha | 50–99 | 418 mil. Kč (2024) | |
| Výzkumný ústav živočišné výroby, v. v. i. | Praha | 200–249 | – | |
| Státní ústav radiační ochrany, v. v. i. | Praha | 200–249 | – | |
| EMMES BIOPHARMA GLOBAL s.r.o. | Praha | 100–199 | 254 mil. Kč (2022) | |
| Hvězdárna a planetárium hlavního města Prahy | Praha | 250–499 | – | |
| Rigaku Innovative Technologies Europe s.r.o. | Praha | 25–49 | 116 mil. Kč (2024) | |
| Ricardo Prague s.r.o. | Praha | 100–199 | 279 mil. Kč (2025) | |
| Prusa Development a.s. | Praha | 100–199 | 263 mil. Kč (2024) | |
| STMicroelectronics Design and Application s.r.o. | Praha | 100–199 | 514 mil. Kč (2024) | |
| Scio Research, s.r.o. | Praha | 100–199 | 1,3 mil. Kč (2025) | |
| PROSPECTORS s.r.o. | Praha | 100–199 | 22 mil. Kč (2024) | |
| Forenzní DNA servis, s.r.o. | Praha | 6–9 | 9,6 mil. Kč (2024) | |
| Výzkumný ústav pivovarský a sladařský, a.s. | Praha | 50–99 | 48 mil. Kč (2024) | |
| Sociologický ústav AV ČR, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | |
| APIGENEX s.r.o. | Praha | 50–99 | 149 mil. Kč (2025) | |
| Nadační fond IOCB FOUNDATION | Praha | 6–9 | – | iocbfoundation.cz |
| Ústav dějin umění AV ČR, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | |
| VÚKV a.s. | Praha | 50–99 | 196 mil. Kč (2025) | |
| Ústav chemických procesů AV ČR, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | |
| Masarykův ústav a Archiv AV ČR, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | |
| Nadační fond Východočeská hematologie | Praha | – | – | vychodoceskahematologie.cz |
| Výzkumný institut práce a sociálních věcí, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | |
| Ing. Pavel Novák s.r.o. | Praha | – | – | ingpavelnovak.cz |
| MediCom, a.s. Praha | Praha | 10–19 | 80 mil. Kč (2022) | |
| Ústav pro soudobé dějiny AV ČR, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | |
| EPA Consulting, s.r.o. | Praha | 1–5 | – | epaconsulting.cz |
| ECO trend s.r.o. | Praha | 1–5 | – | ecotrend.cz |
| MV Flexi s.r.o. | Praha | 1–5 | – | mvflexi.cz |
| ASIX s.r.o. | Praha | 1–5 | – | asixshop.cz |
| SciCare - Innovations, s.r.o. | Praha | – | – | scicare.cz |
| Zelius, s.r.o. | Praha | 1–5 | – | zelius.cz |
| Cannabis Bohemia, z.ú. | Praha | 1–5 | – | cannabisbohemia.cz |
| Biovak distribution s.r.o. | Praha | 1–5 | – | biovak.cz |
| Motion Electronics s.r.o. | Praha | 1–5 | – | motionelectronics.cz |
| AgentFly Technologies s.r.o. | Praha | 20–24 | 22 mil. Kč (2025) | |
| Nanotec System s.r.o. | Praha | – | – | nanotecsystem.cz |
| Ústav teoretické a aplikované mechaniky AV ČR, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | |
| Komerční železniční výzkum, spol. s r.o. | Praha | 20–24 | 97 mil. Kč (2024) | |
| Výzkumný ústav mlékárenský s.r.o. | Praha | 25–49 | 1,8 mil. Kč (2025) | |
| Ústav teorie informace a automatizace AV ČR, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | |
| Clinical Research Center s.r.o. | Praha | 25–49 | 100 mil. Kč (2024) | |
| Historický ústav AV ČR, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | |
| +pharma Česká republika s.r.o. | Praha | 20–24 | 57 mil. Kč (2025) | |
| IAMPrague s.r.o. | Praha | 25–49 | 56 mil. Kč (2025) | |
| Ústav fyziky atmosféry AV ČR, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | |
| SynTech Research Czech s.r.o. | Praha | 25–49 | – (2022) | |
| Ika Universal Group s.r.o. | Praha | 20–24 | 1,1 mil. Kč (2024) | |
| Adalid Sciences s.r.o. | Praha | 20–24 | – (2024) | |
| PrimeVigilance s.r.o. | Praha | 25–49 | 130 mil. Kč (2024) | |
| NEBION AG, odštěpný závod | Praha | 25–49 | 52 mil. Kč (2025) | |
| Pinflow energy storage, s.r.o. | Praha | 20–24 | 13 mil. Kč (2021) | |
| Arriello s.r.o. | Praha | 25–49 | 34 mil. Kč (2016) | |
| Ústav pro českou literaturu AV ČR, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | |
| Ústav fotoniky a elektroniky AV ČR, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | |
| Matematický ústav AV ČR, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | |
| SEVEn, The Energy Efficiency Center, z.ú. | Praha | 10–19 | – (2025) | |
| Ústav struktury a mechaniky hornin AV ČR, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | |
| Feramat Energies, s.r.o. | Praha | 10–19 | 19 mil. Kč (2024) | |
| PAQ - Prokop Analysis and Quantitative Research, s.r.o. | Praha | 1–5 | – (2025) | |
| LEANCAT s.r.o. | Praha | 6–9 | – (2025) | |
| Geofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | |
| Medison Pharma s.r.o. | Praha | 10–19 | 61 mil. Kč (2024) | |
| Geologický ústav AV ČR, v. v. i. | Praha | 50–99 | – | |
| GCP-Service International s.r.o. | Praha | 10–19 | 60 mil. Kč (2024) | |
| CETA - Centrum ekonomických a tržních analýz, z.ú. | Praha | 10–19 | 9,6 mil. Kč (2024) | |
| Allucent (CZ) s.r.o. | Praha | 10–19 | 39 mil. Kč (2022) | |
| Novotech Clinical Research (Czech Republic) s.r.o. | Praha | 10–19 | 30 mil. Kč (2024) | |
| RING Beteiligungs GmbH, pobočka | Praha | 10–19 | – (2026) | |
| Ústav pro jazyk český AV ČR, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | |
| DMKtech s.r.o. | Praha | 6–9 | 2,4 mil. Kč (2025) | |
| IREAS centrum, s.r.o. | Praha | 6–9 | 72 tis. Kč (2023) | |
| CC one, s.r.o. | Praha | 1–5 | 1,4 mil. Kč (2025) | |
| CCOE s.r.o. | Praha | 6–9 | 6,1 mil. Kč (2025) | |
| Pharma-Service International s.r.o. | Praha | 10–19 | 14 mil. Kč (2022) | |
| Richway s.r.o. | Praha | 10–19 | 1,5 mil. Kč (2023) | |
| Kalibro Projekt s.r.o. | Praha | 6–9 | – (2025) | |
| Matematické a Statistické Projekty a Software s.r.o | Praha | 10–19 | – (2024) | |
| Grant Detection s.r.o. | Praha | 1–5 | – (2024) | |
| MP Developers s.r.o. | Praha | 6–9 | 92 mil. Kč (2025) | |
| Anreva Solution s.r.o. | Praha | 6–9 | 969 tis. Kč (2025) | |
| STRATOSYST s.r.o. | Praha | 1–5 | – (2025) | |
| European Cryogenics s.r.o. | Praha | 6–9 | 3,6 mil. Kč (2025) | |
| FORBELI s.r.o. | Praha | 6–9 | 20 mil. Kč (2025) | |
| KTT Service a.s. | Praha | 6–9 | – (2024) | |
| Area fausta International s.r.o. | Praha | 6–9 | – (2025) | |
| Student Science, s.r.o. | Praha | 1–5 | – (2024) | |
| grey dot s.r.o. | Praha | 1–5 | – (2025) | |
| Pipette & Chart, s.r.o. v likvidaci | Praha | 1–5 | – (2026) | |
| GEORESPECT s.r.o. | Praha | 1–5 | 1 mil. Kč (2025) | |
| Czech CRRC Science and Technology Development s.r.o. | Praha | 1–5 | 88 mil. Kč (2025) | |
| Alhena s.r.o. | Praha | 1–5 | 10 mil. Kč (2025) | |
| LINICAL Czech Republic s.r.o. | Praha | 1–5 | – (2024) | |
| Synavia s.r.o. | Praha | 1–5 | – (2025) | |
| daiteq s.r.o. | Praha | 1–5 | – (2024) | |
| Originot s.r.o. | Praha | 1–5 | 3,5 mil. Kč (2025) | |
| Complex Science s.r.o. | Praha | 1–5 | – (2023) | |
| QPS Czech s.r.o. | Praha | 1–5 | 8 mil. Kč (2025) | |
| Atthero s.r.o. | Praha | 1–5 | 1,1 mil. Kč (2025) | |
| Motorola Solutions Czech Republic s.r.o. | Praha | 1–5 | – (2025) | |
| MODESK, s.r.o. | Praha | 1–5 | – (2024) | |
| Fosfinos s.r.o. | Praha | 1–5 | – (2025) | |
| NOVEI innovation s.r.o. | Praha | 1–5 | 2,4 mil. Kč (2025) | |
| Avior company s.r.o. v likvidaci | Praha | 1–5 | 148 tis. Kč (2022) | |
| Target Technologie s.r.o. | Praha | 1–5 | – (2025) | |
| Ekonomický ústav AV ČR, v. v. i. | Praha | 100–199 | – | |
| Ústav zemědělské ekonomiky a informací | Praha | 100–199 | – | |
| Ústav státu a práva AV ČR, v. v. i. | Praha | 50–99 | – | |
| Etnologický ústav AV ČR, v. v. i. | Praha | 50–99 | – | |
| Orientální ústav AV ČR, v. v. i. | Praha | 50–99 | – | |
| Hydrologický ústav AV ČR, v. v. i. | Praha | 50–99 | – | |
| Slovanský ústav AV ČR, v. v. i. | Praha | 50–99 | – | |
| Agentura pro zdravotnický výzkum České republiky | Praha | 50–99 | – | |
| Česká společnost archeologická, z. ú. | Praha | 6–9 | – | |
| Excoso a.s. | Praha | 1–5 | – | |
| Česká akademie zemědělských věd, (ČAZV) | Praha | 50–99 | – | |
| Labrys, o.p.s. | Praha | 20–24 | – | |
| Archeo Pro o.p.s. | Praha | 6–9 | – | |
| Institut pro kriminologii a sociální prevenci | Praha | 25–49 | – | |
| BLW s.r.o. | Praha | 1–5 | – | |
| Centrum pro studium vysokého školství, v. v. i. | Praha | 10–19 | – | |
| MetaCell s.r.o. | Praha | 1–5 | – | |
| HE3DA s.r.o. | Praha | 6–9 | – | |
| Ústav modelů ve vzdělávání, zapsaný ústav | Praha | 1–5 | – | |
| Výzkumný ústav pro podnikání a inovace, z.ú. | Praha | 6–9 | – | |
| Oxygen Biotech s.r.o. | Praha | 1–5 | – | |
| Pharmakl spol.s r.o. | Praha | 1–5 | – | |
| FGK Clinical Research s.r.o. | Praha | 1–5 | – | |
| SPIROX, s.r.o. | Praha | 1–5 | – | |
| CHEMPORT INTERNATIONAL s.r.o. | Praha | 1–5 | – | |
| ECO trend Research centre s.r.o. | Praha | 1–5 | – | |
| Asociace genové terapie, z.s. | Praha | 1–5 | – | |
| ISFOR z.ú. | Praha | 1–5 | – | |
| Prague Clinical Services, s.r.o. | Praha | 1–5 | – | |
| Ferrivia Energy s.r.o. | Praha | 1–5 | – | |
| PSP Technologies s.r.o. | Praha | 1–5 | – | |
| ECO-TREND PLUS s.r.o. | Praha | 1–5 | – | |
| Aliance pro telemedicínu a digitalizaci zdravotnictví a sociálních služeb, z.ú. | Praha | 1–5 | – | |
| Slavel, spol. s r.o. | Praha | 1–5 | – | |
| Banka stolice-Restore-Restart, z.ú. | Praha | 1–5 | – | |
| Centrum zemědělsko-potravinářského výzkumu a inovací, s.r.o. | Praha | 1–5 | – | |
| NANOGIES s.r.o. | Praha | 1–5 | – | |
| DF Excavation s.r.o. | Praha | 1–5 | – | |
| Institute of Pharmacovigilance z.ú. | Praha | 1–5 | – | |